Con una extensión de 125 kilómetros de largo y una cuenca de 3.543 kilómetros cuadrados, el Río San José recorre los departamentos de Flores y San José. Nace al sur de la ciudad de Trinidad, específicamente en la Cuchilla Grande Inferior y desemboca en el Río Santa Lucía, recorriendo el territorio de noroeste a sureste.

En términos hidrográficos entonces, es un afluente del Río Santa Lucía, de allí que reciba el nombre oficial de Río San José del Santa Lucía. Un afluente, también conocido como tributario, es un curso de agua que puede ser un río o un arroyo, que en vez de desembocar en el mar lo hace en otro río más grande.

Pertenece a la Cuenca Hidrográfica del Plata, que es toda la región del sur del continente americano drenada por el Río de la Plata y sus tributarios. El Río San José tiene más de veinte afluentes que van confluyendo sus aguas a lo largo de toda su extensión. En algunas zonas su cauce se ensancha para formar lagunas, como la Laguna 20 Toros en el Departamento de San José.

Puentes del Río San José

Varios caminos y carreteras atraviesan su cauce, y es por ello que se construyeron puentes para permitir el paso. Los de mayor tamaño son el Puente San José sobre la ruta nacional número 11 y el Puente Picada de Varela, ambos situados en la periferia de la ciudad de San José de Mayo. El Puente Picada Varela está ubicado al norte de la ciudad y se construyó para permitir el tránsito de la ruta nacional número 3.

Debajo del Puente Picada Varela se formaron pequeñas playas. El sitio se conoce entre los maragatos como La Picada Varela y es bastante concurrido. Cuenta con servicio de guardavidas durante los meses de verano. Los pescadores también frecuentan la Picada Varela, que dependiendo de la época pueden sacar carpa, boga, sábalo, tararira y bagre amarillo.